La lengua zapoteca pertenece al tronco Otomangue que agrupa entre otras la mixteca, matlatzinca y popoloca.

Con un gran número de variantes lingüísticas no siempre mutuamente inteligibles, se estima comenzaron a divergir del proto-zapoteco hace al menos 14 siglos. Una clasificación de dichas variantes:

Región	Variantes
Sierra Norte	Ixtlán, Rincón, Choapan, Cajono. Diccionario Zapoteco Cajono - Español
Valles Centrales	Mitla, Quiatoni, Zaachila. Diccionario Zapoteco de Teotitlán del Valle - Español
Occidentales	Istmo o Tehuano. Diccionario Zapoteco Istmeño- Español
Meridionales	Amatlán, Coatecas Altas, Coatlán, Lapaguía-Guivini, Loxicha, Miahuatlán, Mixtepec, Quioquitani-Quierí, Ozolotepec, San Agustín Mixtepec, San Baltazar Loxicha, San Vicente Coatlán, Xanaguía/San Francisco Ozolotepec. Diccionario Zapoteco Miahuatlán- Español

El orden normal de las palabras es: Verbo-Sujeto-Objeto. Casi todas las lenguas zapotecas son tonales: el tono con que se pronuncia una palabra puede cambiar su significado.

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