Ubicado en la parte oriental de la Plaza Sagrada, fue construido con grandes bloques poligonales pulidos ensamblados perfectamente como si fueran piezas de un rompecabezas, el recinto es rectangular aunque se dejó abierto el lado que da a la plaza donde hay un solo pilar de piedra que sirvió para apoyar el techo.

En el centro hay una estructura escalonada representando los tres mundos de la cosmogonía inca.

Su hallazgo hizo suponer que se trataba del mítico lugar Tampu Tocco "la casa de las ventanas", de donde según el mito salieron los hermanos Ayar que formaron el Imperio Inca.

Vistas espectaculares de los alrededores de la ciudad se pueden captar desde el Templo de las Tres Ventanas. Los sacerdotes Incas, los "curacas", permanecían casi todo el día en este recinto, controlando la organización social del Imperio.